Как пропатчить vmware-esxi через vcenter

Вы правы, вам нужно, чтобы каждый хост был в режиме обслуживания, так как весьма вероятно, что исправления потребуют перезагрузки. Очевидно, что в вашей ситуации с одним хостом это будет сложно.

Кто-то здесь, вероятно, предложит гораздо более элегантное решение, но я считаю, что вам придется работать напрямую с хостом через DCUI или через SSH и вручную устанавливать пакеты исправлений, затем выключать виртуальные машины и вручную перезагружать хост для взять эти связки на борт.

Возможно, лучшим решением было бы купить второй хост, даже если он просто работает по бесплатной/временной лицензии — это позволит вам перенести на него виртуальные машины, исправить существующий хост, а затем переместить виртуальные машины обратно на него. Этот второй хост не обязательно должен иметь ту же спецификацию, что и ваш основной хост, достаточно ЦП, памяти и хранилища, чтобы некоторое время удерживать виртуальные машины.