Я пытаюсь установить пакет R rgdal на HPC в моем университете.
Я ввожу обычную команду, используемую для любых других пакетов, которые были правильно установлены, но не для «rgdal».
install.packages("rgdal")
Сообщение об ошибке вывода выглядит следующим образом:
настроить: ошибка: gdal-config не найден или не выполняется
Я подозреваю, что это происходит потому, что R ищет gdal-config в общем каталоге R кластера, но установка пакетов разрешена только в личных библиотеках. На самом деле, когда я пытался установить другие пакеты (и они работали нормально, здесь я буду использовать «readr» в качестве примера), я получил следующее предупреждение:
Предупреждение в install.packages("readr") :
'lib = "/cm/shared/oswald-apps/R/gcc/4.1.0/lib64/R/library"' недоступна для записи
Хотите вместо этого использовать личную библиотеку? (г/н)
Я сказал да на это, и меня спросили
Хотите создать личную библиотеку
~/R/x86_64-pc-linux-gnu-библиотека/4.1
установить пакеты в? (г/н)
После подтверждения да, как упоминалось ранее, другие пакеты были установлены правильно и работают нормально. Однако при попытке установить «rgdal» предупреждающее сообщение не появляется, а среди других выходных данных есть
настроить: R_HOME: /cm/shared/oswald-apps/R/gcc/4.1.0/lib64/R
Так что я думаю, что по какой-то причине "rgdal" ищет gdal-config в общей библиотеке, которая недоступна для записи, а не в личной. Поскольку gdal-config отсутствует, установка прерывается.
Я искал ту же проблему, и практически все предлагаемые решения требуют использования sudo, но у меня нет на это разрешения.Итак, я думаю, что я ищу способ сказать «rgdal» делать все в личной библиотеке, а не в общей.
Любая идея о том, как это сделать?
