Это не столько решение, сколько обходной путь или возможная подсказка, а установка Chromium с --пользователь флаг (flatpak использует --система по умолчанию) и обновление отлично работает в cron.
flatpak install flathub org.chromium.Chromium # по умолчанию, есть проблемы с cron
flatpak install --user flathub org.chromium.Chromium # нет проблем cron
К сожалению, я не уверен, почему в cron отсутствует возможность обновления системных плоских пакетов.по крайней мере, для плоского пакета Chromium, поскольку похоже, что третий плоский пакет смог обновиться только что. Возможно, проблема именно в этом плоском пакете.
Редактировать: я пропустил третью ошибку в выводе, она не была уникальной для Chromium.
Редактировать 2: еще несколько разъяснений/шагов по использованию flatpak --пользователь флаг. Поскольку системные и пользовательские пакеты управляются отдельно, это означает, что добавление/удаление удаленных пакетов, установка и обновление также должны выполняться отдельно. Пользовательский пакет не может быть извлечен из удаленной системы и наоборот.
# добавляем удаленного пользователя
flatpak удаленное добавление --if-not-exists --user REMOTE_NAME REMOTE_ADDRESS
# обновляет только пользовательские пакеты
обновление плоского пакета --user