«Ошибка сегментации (сброс ядра)». Что мне делать, чтобы исправить эту ошибку?

Muhriddin Mahkamov

03.12.2022, 16:18

Я собирался провести анализ вторичной структуры (белка) с помощью модуля gmx do_dssp (я использую пакет Gromacs). "Ошибка сегментации" произошла после того, как я дал командную строку - gmx do_dssp -f native.xtc -s md.tpr -map и я не мог получить результаты, которые были так важны. Что мне делать, чтобы исправить эту ошибку?

Моя текущая версия Ubuntu 20.04.
Gromacs — это пакет, который используется для запуска молекулярно-динамического моделирования. В этом пакете все командные строки начинаются с gmx. В этом здесь gmx do_dssp .... это команда, для которой нужно было предоставить мне необходимую информацию.
Раньше такой ошибки не было с ubuntu 18.04.
Все команды, кроме gmx do_dssp работает хорошо (Gromacs не сломан). То есть проблема только с этой командой.

0 + 5

systemd-coredump

N0rbert

03.12.2022, 16:41

Какая у вас версия Ubuntu? Что такое `gmx`? Как устанавливали и какая версия?

Ответить

Knud Larsen

03.12.2022, 18:13

Ссылка вопрос: «Пакет Gromacs» – `/usr/bin/gmx` https://packages.ubuntu.com/focal/amd64/gromacs/filelist

Ответить

waltinator

03.12.2022, 21:21

«Ошибка сегментации» — это способ Unix/Linux сказать «Незаконный доступ к памяти». Ваша программа пыталась получить доступ к адресу памяти, находящемуся за пределами памяти. Опыт подсказывает местоположение `0x00`. Остальная часть сообщения «(ядро сброшено)» — это хорошие новости! Длинный подробный отчет был записан в файл в каталоге `/var/crash/`. Прочитайте это с «меньше» или «больше». Вам не хватает библиотеки? Это может привести к переходу на `0x00`. Посмотрите на `ldd $(type -p gmx)`.

Ответить

waltinator

03.12.2022, 21:23

Пожалуйста, [отредактируйте] свой пост, чтобы добавить новую информацию в правильном формате. Информацию, добавленную через комментарии, трудно форматировать для вас, трудно читать нам и игнорировать будущие читатели. Пожалуйста, нажмите [редактировать] и добавьте эту важную информацию к вашему вопросу, чтобы все факты, которые нам нужны, были в вопросе. Пожалуйста, не используйте «Добавить комментарий», так как это наша ссылка на вас. Все факты о вашей системе должны быть указаны в вопросе с [править]

Ответить

heynnema

03.12.2022, 23:48

Перейдите на https://www.memtest86.com/ и загрузите/запустите их бесплатный memtest, чтобы проверить свою память. Получите хотя бы один полный проход всех тестов 4/4, чтобы подтвердить хорошую память. Это может занять много часов. Доложить. Начинайте комментировать меня с @heynnema или я пропущу их.

Ответить

Admin

Этот вопрос на других языках:

EN: 'Segmentation fault (core dumped)'. What should I do to fix this error?

TH: 'ความผิดพลาดของการแบ่งส่วน (คอร์ดัมพ์)' ฉันควรทำอย่างไรเพื่อแก้ไขข้อผิดพลาดนี้

RO: 'Anomalie de segmentare (core-dumping)'. Ce ar trebui să fac pentru a remedia această eroare?

RU: «Ошибка сегментации (сброс ядра)». Что мне делать, чтобы исправить эту ошибку?

VI: 'Lỗi phân đoạn (đổ lõi)'. Tôi nên làm gì để khắc phục lỗi này?

Ответить или комментировать

Большинство людей не понимают, что склонность к познанию нового открывает путь к обучению и улучшает межличностные связи. В исследованиях Элисон, например, хотя люди могли точно вспомнить, сколько вопросов было задано в их разговорах, они не чувствовали интуитивно связи между вопросами и симпатиями. В четырех исследованиях, в которых участники сами участвовали в разговорах или читали стенограммы чужих разговоров, люди, как правило, не осознавали, что задаваемый вопрос повлияет — или повлиял — на уровень дружбы между собеседниками.