Я использую Kneaddata и humann3 для определения функционального гена метагенома дробовика с помощью команд:
kneaddata --input AST2R1.fastq --input AST2R1.fastq -db $/home/plankton/Kneadata_DIR --output /home/plankton/Metagenomics_AST_Thatha/CG_DN_935 --trimmomatic /home/plankton/anaconda3/share/trimmomatic-0.39-2 --поток 4
humann --input /home/plankton/Metagenomics_AST_Thatha/CG_DN_935/AST2.1/AST2R1_kneaddata.fastq --output /home/plankton/Metagenomics_AST_Thatha/CG_DN_935/AST2.1/AST2_humann --нуклеотидная база данных /home/plankton/INSTALL_LOCATION -- нить 8
В обоих случаях система работала долго и зависала.
Кроме того, Firefox вылетает.
Конфигурация системы Ubuntu 20.04.3 LTS
дф-ч
Используемый размер файловой системы Доступно Использование % Установлено на udev
32G 0 32G 0% /dev tmpfs 6.3G 2.0M 6.3G 1%
/run /dev/sdb3 457G 283G 152G 66%
/tmpfs 32G 112K 32G 1%
/dev/shm tmpfs 5.0M 4.0K 5.0M 1%
/запустить/заблокировать tmpfs 32G 0 32G 0%
/sys/fs/cgroup
Отчет о сбое
ls -al /var/сбой
всего 53288
drwxrwsrwt 2 root whoopsie 4096 20 января 16:48 .
drwxr-xr-x 14 root root 4096 19 августа 16:17 ..
-rw-r----- 1 планктон вупси 33984941 19 января 17:51 _usr_bin_gnome-shell.1000.crash
-rw-rw-r-- 1 планктон вупси 0 18 янв 15:47 _usr_bin_gnome-shell.1000.upload
-rw------- 1 whoopsie whoopsie 37 янв 18 15:47 _usr_bin_gnome-shell.1000.uploaded
-rw-r----- 1 планктон вупси 10929583 15 янв 21:59 _usr_bin_nautilus.1000.crash
-rw-rw-r-- 1 планктон вупси 0 15 янв 21:59 _usr_bin_nautilus.1000.upload
-rw------- 1 whoopsie whoopsie 37 15 января 21:59 _usr_bin_nautilus.1000.uploaded
-rw-r----- 1 планктон вупси 9621952 20 января 16:48 _usr_lib_xorg_Xorg.1000.crash
-rw-r--r-- 1 планктон вупси 0 янв 20 16:48 _usr_lib_xorg_Xorg.1000.upload
-rw------- 1 whoopsie whoopsie 37 янв. 20 16:48 _usr_lib_xorg_Xorg.1000.uploaded
Пожалуйста, предоставьте решение
Спасибо
