«Простая факторизация» не представляет интереса, поскольку простые числа — это их собственная факторизация.
Разложение на простые числа не используется для генерации ключей.
Я заключаю, что вопрос спрашивает:
При генерации простых чисел во время генерации пар открытого/закрытого ключей для критосистем на основе сложности факторизации (RSA, Rabin, Pailler…) существует ли ограничение на размер простых множителей? Если да, то остается ли ограниченное количество простых чисел, которые можно использовать для генерации ключей? И если да, делает ли это систему шифрования уязвимой?
Математически нет верхнего предела размера простых множителей. Существует бесконечно много простых чисел и (таким образом) простых чисел любого размера.
Некоторые стандарты устанавливают ограничения. Например FIPS 186-4 имеет верхний предел $1536$ кусочек; точнее, для этого размера каждое из двух простых чисел, образующих составной модуль, должно находиться в интервале $[2^{1535.5},2^{1536}]$, так что произведение $3072$-кусочек. Посредством теорема о простых числах, есть примерно о $2^{1524}$ простые числа в этом интервале. Это о $600\underbrace{\text{миллион}\ldots\text{миллион}}_{76\text{умножить на слово "миллион}}$. Это ограничено, но настолько велико, что не делает систему уязвимой для каких-либо практических целей.