After installing script all subdomains go to the main domain

I have a main domain www.example.com.

and the following subdomains under the main domain

support.example.com
test.example.com

Previously both subdomains are working fine.

But after installing a PHP script on the main domain, only the main domain is working and all subdomains are going to main domain.

After checking .htaccess file I found this code:

RewriteEngine  on  
RewriteBase /  
RewriteCond %{THE_REQUEST} /(.+?)\.php[\s?] [NC]  
RewriteRule ^ %1 [R=301,L,NE]  
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-d  
RewriteCond %{DOCUMENT_ROOT}/$1.php -f  
RewriteRule ^(.+?)/?$ $1.php [L]  
RewriteCond %{HTTPS} off [OR]  
RewriteCond %{HTTP_HOST} !^www\. [NC]  
RewriteRule (.*) https://www.example.com%{REQUEST_URI} [R=301,L]  

IndexIgnore *   

Is this related to the not working subdomains?

RewriteCond %{HTTPS} выключен [ИЛИ]  
RewriteCond %{HTTP_HOST} !^www\. [НЗ]  
RewriteRule (.*) https://www.example.com%{REQUEST_URI} [R=301,L]

Вы не указали точно, что происходит или куда указывают поддомены, поэтому здесь могут быть другие проблемы.

Однако, если ваши поддомены указывают на ту же область файловой системы (или, возможно, подкаталог), что и основной домен, то приведенное выше правило перенаправит все поддомены на www.example.com - значит субдомен "потерян".

В зависимости от ваших требований, вы можете решить эту проблему, только проверив пример.com вместо !^www\. и разделение перенаправления с HTTP на HTTPS на отдельное правило. Например:

# HTTP на HTTPS (включая поддомены)
RewriteCond %{HTTPS} выкл.
RewriteRule ^ https://%{HTTP_HOST}%{REQUEST_URI} [R=301,L]

# Канонический редирект без www на www только для основного домена
RewriteCond %{HTTP_HOST} ^(пример\.com)\.?$ [NC]  
RewriteRule ^ https://www.%1%{REQUEST_URI} [R=301,L]

Перед тестированием вам необходимо очистить кеш браузера. (Предпочтительно протестировать с 302 — временной — переадресацией, чтобы избежать потенциальных проблем с кэшированием.)

Однако директивы также расположены в неправильном порядке (это не имеет отношения к проблеме с поддоменом). Канонические перенаправления (выше) должны быть удалены перед внутренняя перезапись. Так что ваши .htaccess вместо этого файл должен быть упорядочен следующим образом:

Индексигнорировать *

RewriteEngine включен  
Переписать Базу /

# HTTP на HTTPS (включая поддомены)
RewriteCond %{HTTPS} выкл.
RewriteRule ^ https://%{HTTP_HOST}%{REQUEST_URI} [R=301,L]

# Канонический редирект без www на www только для основного домена
RewriteCond %{HTTP_HOST} ^(пример\.com)\.?$ [NC]  
RewriteRule ^ https://www.%1%{REQUEST_URI} [R=301,L]

# Удалить расширение ".php" для запрошенного URL
RewriteCond %{THE_REQUEST} \s/(.+)\.php[\s?] [NC]  
RewriteRule ^ /%1 [R=301,L,NE]  

# Внутренне переписать запрос, чтобы добавить расширение ".php"
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-d  
RewriteCond %{DOCUMENT_ROOT}/$1.php -f  
Правило перезаписи ^(.+?)/?$ $1.php [L]