Если Emergency.service запускается, это значит, что уже была предпринята попытка выполнить корневой переключатель initrd или fsck, но она не удалась. systemd-fsck-root.service можно указать всегда восстанавливать (fsck -y) с параметром командной строки ядра fsck.repair=yes
fsck будет пропущен для любой файловой системы со значением passno 0 в /etc/fstab (6-е поле). Возможно, это плохая идея в системе с историей повреждений, но если файловая система монтируется, это позволяет продолжить работу.
Файловые системы можно сделать необязательными для local-fs.target с опцией nofail в fstab. Однако это не работает для root fs. Рассмотрите возможность создания новой файловой системы в точке монтирования, которая, как вы подозреваете, содержит проблемные файлы, например /var/lib/whatever. С параметром nofail, даже если он не смонтируется, он не будет сброшен в аварийную оболочку.
Резервные копии — это последняя линия защиты, позволяющая избежать потери важных данных. Не полагайтесь на восстановление, чтобы всегда что-то исправить, даже в зрелых файловых системах.
Некоторые поврежденные файловые системы присутствуют в наборе тестов e2fsprogs. Сложно использовать по-настоящему, особенно в качестве root fs.Образуйте с ним свое блочное устройство, расширьте его и восстановите данные из резервной копии.
