Судя по звукам, ваш суб поддомен сопоставляется с тем же каталогом, что и основной домен, и все остальные поддомены (www и Другие, и т.д.)
Однако, если все запросы к суб субдомен внутренне переписан на /sub подкаталог то вы можете просто создать еще один .htaccess в /sub/.htaccess в котором вы установили Слэш-каталог выключен - это затем относится ко всем запросам к суб поддомен. (Предполагая, что вы также не получаете доступ к одному и тому же подкаталогу через другое имя хоста. Вы можете предотвратить это, если хотите.)
/sub/.htaccess файл также является местом, где вы будете реализовывать № 3 в своих требованиях.
Корень .htaccess файл просто перезаписывает все запросы в суб поддомен к /sub подкаталог.
В стороне: Поскольку вы задаете этот вопрос в ServerFault, обычно предполагается, что у вас есть полный контроль над сервером. В этом случае было бы предпочтительнее настроить это суб субдомен в своем собственном контейнере vHost, который указывает непосредственно на /sub подкаталог (или в идеале где-то за пределами дерева каталогов основного домена). В этом случае вам не нужно будет реализовывать № 2 ваших требований, и вы просто установите Слэш-каталог выключен для всего поддомена.
