Возможна несовместимость Anaconda 3/установленного python

Я установил anaconda3, пытаясь запустить определенный конвейер, но я думаю, что столкнулся с ошибками несовместимости.

Для anaconda я создал среду с conda create -n name python=3.6, но похоже, что некоторые файлы python, которые запускаются оттуда, смотрят на python 2.7. Например, я получаю эту ошибку

Файл "/home/stella/anaconda3/envs/cutruntools2.1/bin/bamCoverage", строка 5, в <module>
    из файла deeptools.bamCoverage import main
  Файл "/home/stella/anaconda3/envs/cutruntools2.1/lib/python3.6/site-packages/deeptools/bamCoverage.py", строка 8, в <module>
    from deeptools import writeBedGraph # Это должно быть сделано непосредственно в bigWig
  Файл "/home/stella/anaconda3/envs/cutruntools2.1/lib/python3.6/site-packages/deeptools/writeBedGraph.py", строка 9, в <module>
    из deeptools.utilities импортировать getCommonChrNames
  Файл "/home/stella/anaconda3/envs/cutruntools2.1/lib/python3.6/site-packages/deeptools/utilities.py", строка 4, в <module>
    из deeptools.bamHandler импортировать openBam
  Файл "/home/stella/anaconda3/envs/cutruntools2.1/lib/python3.6/site-packages/deeptools/bamHandler.py", строка 2, в <module>
    импорт пысам
  Файл "/home/stella/.local/lib/python2.7/site-packages/pysam/__init__.py", строка 5, в <module>
    из импорта pysam.libchtslib *
ImportError: /home/stella/.local/lib/python2.7/site-packages/pysam/libchtslib.so: неопределенный символ: _Py_ZeroStruct

Кроме того, если я работаю в среде анаконды, например, например

conda активирует cutruntools2.1
(cutruntools2.1) stella@IBP10382:~$ питон
Python 3.6.13 | упаковано conda-forge | (по умолчанию, 19 февраля 2021 г., 05:36:01) 
[GCC 9.3.0] в Linux
Введите «помощь», «авторское право», «кредиты» или «лицензия» для получения дополнительной информации.
>>> импортировать deeptools.misc
>>> из файла deeptools.bamCoverage import main
>>> импорт систем

Кажется, я не получаю ошибок импорта, как кажется в первом фрагменте кода. Но на python после деактивации я не могу импортировать эти модули, потому что это другая версия python. Выполнение команды bash, которая вызывает все сценарии Python и т. д. из среды, также не решает эту проблему.

Я был бы признателен за любые комментарии или где искать указание мне на ошибку.

Спасибо!