При переустановке нет никаких проблем при копировании вашей текущей домашней папки обратно в переустановку той же версии. Так что не медлите и вперед.
Конечно, вам нужно будет со временем переустановить приложения, которые не установлены по умолчанию. Эти переустановленные приложения примут конфигурацию, существующую в настоящее время в вашей домашней папке.
«Порядок», сначала установка программ или сначала восстановление конфигурации, на самом деле не так критичен. Недавно установленные программы будут записывать конфигурацию по умолчанию только при запуске. И даже если конфигурация по умолчанию была записана, при восстановлении вашей конфигурации она будет перезаписана.
Дополнительное примечание при установке более новой версии Ubuntu
Даже при копировании конфигурации обратно в будущую версию Ubuntu вероятность возникновения проблем очень мала. Тем не менее, это не совсем не существует. Формат данных конфигурации может измениться в будущей версии приложения. Приложение может быть предназначено для обработки перехода на новый формат, но другие приложения могут не работать и иметь проблемы со старой конфигурацией. Однако вероятность того, что это произойдет, очень мала, но не равна нулю.