Регистрация Войти
Рейтинг:1
Pål Bjartan avatar Ubuntu

Ошибка при установке RStudio в Anaconda: `/opt/anaconda3/lib/R/bin/exec/R: ошибка при загрузке общих библиотек: libreadline.so.6:

флаг vn
Pål Bjartan

В настоящее время я пытаюсь установить версию Anacondas RStudio.У меня уже установлен R с официального CRAN-репозитории через диспетчер пакетов apt и новейшую версию RStudio. Моя текущая версия R установлена ​​в /USR/библиотека/R и переменная пути, установленная в /USR/бен/R. При запуске установщика RStudio Anaconda Navigator он пытается установить отдельную версию R в /опт/anaconda3/lib/R. Процесс установки завис, и теперь я не могу ввести R в терминале и открыть «старую» версию R. Вместо этого я получаю следующее сообщение об ошибке:

$ Р
/opt/anaconda3/lib/R/bin/exec/R: ошибка при загрузке общих библиотек: libreadline.so.6: невозможно открыть общий объектный файл: нет такого файла или каталога

Я попытался обновить переменную пути для «старого» R, но так как /опт/анаконда3/бин предшествует usr/bin в списке путей я все еще получаю ту же ошибку:

$ экспорт ПУТЬ=$ПУТЬ:/usr/bin/R
$ эхо $ ПУТЬ
/opt/anaconda3/bin:/opt/anaconda3/condabin:/home/username/.local/bin:/usr/local/sbin:/usr/local/bin:/usr/sbin:/usr/bin:/sbin :/bin:/usr/games:/usr/local/games:/snap/bin:/opt/mplusdemo:/usr/bin/R

Во-первых, я не уверен, что означает эта ошибка. Что libreadline.so.6? Как я могу решить эту проблему?

Во-вторых, нужно ли и рекомендуется ли устанавливать R через Anaconda? Моя текущая версия обновляется из репозиториев CRAN, то есть я получаю обновления, когда они доступны. И наоборот, насколько актуальна версия Anacondas? В качестве альтернативы, было бы разумно создать символическую ссылку на каталог usr/bin/R в /опт/анаконда3/бин?

767
1 + 2
р
N0rbert avatar
флаг zw
N0rbert
Какая у вас версия Ubuntu? Как вы думаете, зачем вам Anaconda поверх зрелой системы deb-упаковки APT? Обычный RStudio [упакован] (https://rstudio.org/download/latest/stable/desktop/bionic/rstudio-latest-amd64.deb), R может устанавливать пакеты в `~/R` в вашей домашней папке. Какое выигрышное очко вы получите, используя Anaconda?
0
Ответить
Pål Bjartan avatar
флаг vn
Pål Bjartan
Моя версия 20.04 LTS.Я не думал, что мне это нужно, мой «выигрышный момент» заключался в том, что я подумал, что было бы удобно использовать Anaconda в качестве центра для инструментов программирования, которые мне нужны, чтобы, так сказать, «собрать все в одном месте». Как уже говорилось, моя текущая версия (4.1.1) устанавливается и обновляется из репозиториев CRAN. У меня также есть последняя версия RStudio.
0
Ответить
Рейтинг:1
N0rbert avatar Ubuntu
флаг zw
N0rbert

Библиотека имени libreadline.so.6 не предоставляется никакими официальными deb-пакетами в Репозиторий Ubuntu, только у Debian Jessie есть пакет для него. Если вы хотите сохранить Anaconda - установите эту библиотеку вручную с помощью команд ниже

компакт-диск ~/Загрузки
wget -c wget http://ftp.debian.org/debian/pool/main/r/readline6/libreadline6_6.3-8+b3_amd64.deb
wget -c http://ftp.debian.org/debian/pool/main/g/glibc/multiarch-support_2.19-18+deb8u10_amd64.deb
sudo apt install ./libreadline6_6.3-8+b3_amd64.deb ./multiarch-support_2.19-18+deb8u10_amd64.deb

а затем повторите попытку запуска R из Anaconda.

Обновление ниже.

1. Исправления для библиотек

Установка libreadline.so.6 удалил сообщение об ошибке OP, но привело ко второму:

$ /opt/anaconda3/lib/R/bin/R
/opt/anaconda3/lib/R/bin/exec/R: ошибка при загрузке общих библиотек: libncurses.so.5: невозможно открыть общий объектный файл: нет такого файла или каталога

Эта ошибка была устранена установка недостающей библиотеки :

вселенная sudo add-apt-repository
sudo apt-get установить libncurses5

Это удалило сообщения об ошибках, и теперь можно было запустить R-версию Anaconda из терминала.

$ /opt/anaconda3/lib/R/bin/R
R версия 3.2.2 (2015-08-14) -- "Пожарная безопасность"

Тем не менее, это не решило проблему зависания установки RStudio. Это, по-видимому, связано с не создав среду R, созданную первой. Следующий этот учебник, установка RStudio завершена.

2. Запуск последней версии R и RStudio из Anaconda Navigator.

После установки стало ясно, что и версия Anaconda R, и версия RStudio сильно устарели. Я считаю, что лучше загрузить и обновить их из официальных репозиториев:

компакт-диск ~/Загрузки
wget -c https://download1.rstudio.org/desktop/bionic/amd64/rstudio-1.4.1717-amd64.deb
sudo apt-получить установку ./rstudio-1.4.1717-amd64.deb

Воссоздание пути к версии R CRAN было простым удалением символической ссылки. /opt/anaconda3/bin/R от пути.

sudo РМ /opt/anaconda3/bin/R

Что касается запуска новейшей версии RStudio (которая уже была предварительно установлена) в Anaconda, было просто удалить существующую символическую ссылку из каталога Anaconda RStudio и создать новую, указывающую на «старый» каталог установки:

sudo РМ /opt/anaconda3/envs/renv/bin/rstudio
ln -s /usr/lib/rstudio/bin/rstudio /opt/anaconda3/envs/renv/bin/rstudio

Этот последний шаг позволил запустить последнюю версию R и RStudio из Anaconda.

0 + 7
Pål Bjartan avatar
флаг vn
Pål Bjartan
Я думаю, вы неправильно поняли мой вопрос. У меня уже установлены R и RStudio. На самом деле я просто пытался добавить RStudio в Anaconda, чтобы использовать его в качестве концентратора.Когда я начинал, я понятия не имел, что он попытается установить другую версию R в свой собственный каталог.
0
Ответить
N0rbert avatar
флаг zw
N0rbert
Кстати, `libreadline.so.6` не входит ни в один официальный пакет Ubuntu. Возможные решения - установить эту библиотеку вручную из Debian Jessie. Смотрите обновленный ответ.
0
Ответить
Pål Bjartan avatar
флаг vn
Pål Bjartan
Это было своего рода моей точкой зрения, помимо понимания/исправления ошибки: предоставляет ли Anaconda актуальную версию R и RStudio? Если нет, могу ли я каким-то образом получить доступ к моим текущим установкам из Anaconda?
0
Ответить
N0rbert avatar
флаг zw
N0rbert
Исполняемому файлу R из установки Anaconda требуется `libreadline.so.6` , чтобы исправить это, вам нужно установить один deb-пакет, используя 4 команды выше.
0
Ответить
N0rbert avatar
флаг zw
N0rbert
@PÃ¥lBjartan Я отредактировал вашу правку. Но тогда кажется, что ваша установка Anaconda устарела. Для меня странно, что поставляется очень старая R 3.2.2.
0
Ответить
Pål Bjartan avatar
флаг vn
Pål Bjartan
Я согласен, это кажется странным, он работает на 3.2.2. Я забыл упомянуть, что он устанавливает 3.6 с RStudio. Вы правы: Анаконда грязная. Обновление Anaconda было первым, что я попробовал после вашего первоначального сообщения, запустив «conda update anaconda» в терминале. Это правильная команда?
0
Ответить
N0rbert avatar
флаг zw
N0rbert
Я не использую Anaconda для поддержания чистоты и работоспособности своей системы, попробуйте найти/использовать их официальную документацию.
0
Ответить
флаг Moldova
Admin
Этот вопрос на других языках:

Ответить или комментировать

Большинство людей не понимают, что склонность к познанию нового открывает путь к обучению и улучшает межличностные связи. В исследованиях Элисон, например, хотя люди могли точно вспомнить, сколько вопросов было задано в их разговорах, они не чувствовали интуитивно связи между вопросами и симпатиями. В четырех исследованиях, в которых участники сами участвовали в разговорах или читали стенограммы чужих разговоров, люди, как правило, не осознавали, что задаваемый вопрос повлияет — или повлиял — на уровень дружбы между собеседниками.