Регистрация Войти
Рейтинг:0
avatar Ubuntu

проблема компиляции bioptools (сделать)

флаг jp
MTG

[Убунту 20.04.3]

Пытаюсь установить программу(https://github.com/ACRMGroup/bioptools) и получаю эту ошибку при запуске make (следуя инструкциям по установке)

(база) marcin@marcin-Lenovo-ideapad-Y700-15ISK:~/bioptools-1.9/src$ makeвведите код здесь
(cd libsrc/bioplib/src; сделать)
make[1]: войдите в каталог '/home/marcin/bioptools-1.9/src/libsrc/bioplib/src'

[...]

gcc -fPIC -ansi -Wall -pedantic -g -DGUNZIP_SUPPORT -finline-functions -D XML_SUPPORT -I/home/marcin/anaconda3/include/libxml2 -I/home/marcin/anaconda3/include -o AddNTerHs.o -c AddNTerHs .с
gcc -fPIC -ansi -Wall -pedantic -g -DGUNZIP_SUPPORT -finline-functions -D XML_SUPPORT -I/home/marcin/anaconda3/include/libxml2 -I/home/marcin/anaconda3/include -o ApMatPDB.o -c ApMatPDB .с
gcc -fPIC -ansi -Wall -pedantic -g -DGUNZIP_SUPPORT -finline-functions -D XML_SUPPORT -I/home/marcin/anaconda3/include/libxml2 -I/home/marcin/anaconda3/include -o AppendPDB.o -c AppendPDB .с
gcc -fPIC -ansi -Wall -pedantic -g -DGUNZIP_SUPPORT -finline-functions -D XML_SUPPORT -I/home/marcin/anaconda3/include/libxml2 -I/home/marcin/anaconda3/include -o AtomNameMatch.o -c AtomNameMatch .с
gcc -fPIC -ansi -Wall -pedantic -g -DGUNZIP_SUPPORT -finline-functions -D XML_SUPPORT -I/home/marcin/anaconda3/include/libxml2 -I/home/marcin/anaconda3/include -o CalcCellTrans.o -c CalcCellTrans .с
gcc -fPIC -ansi -Wall -pedantic -g -DGUNZIP_SUPPORT -finline-functions -D XML_SUPPORT -I/home/marcin/anaconda3/include/libxml2 -I/home/marcin/anaconda3/include -o CalcChiPDB.o -c CalcChiPDB .с
gcc -fPIC -ansi -Wall -pedantic -g -DGUNZIP_SUPPORT -finline-functions -D XML_SUPPORT -I/home/marcin/anaconda3/include/libxml2 -I/home/marcin/anaconda3/include -o CalcCterCoords.o -c CalcCterCoords .с
gcc -fPIC -ansi -Wall -pedantic -g -DGUNZIP_SUPPORT -finline-functions -D XML_SUPPORT -I/home/marcin/anaconda3/include/libxml2 -I/home/marcin/anaconda3/include -o CalcRMSPDB.o -c CalcRMSPDB .с
gcc -fPIC -ansi -Wall -pedantic -g -DGUNZIP_SUPPORT -finline-functions -D XML_SUPPORT -I/home/marcin/anaconda3/include/libxml2 -I/home/marcin/anaconda3/include -o CalcTetraHCoords.o -c CalcTetraHCoords .с
gcc -fPIC -ansi -Wall -pedantic -g -DGUNZIP_SUPPORT -finline-functions -D XML_SUPPORT -I/home/marcin/anaconda3/include/libxml2 -I/home/marcin/anaconda3/include -o CopyPDB.o -c CopyPDB .с
gcc -fPIC -ansi -Wall -pedantic -g -DGUNZIP_SUPPORT -finline-functions -D XML_SUPPORT -I/home/marcin/anaconda3/include/libxml2 -I/home/marcin/anaconda3/include -o CopyPDBCoords.o -c CopyPDBCoords .с
gcc -fPIC -ansi -Wall -pedantic -g -DGUNZIP_SUPPORT -finline-functions -D XML_SUPPORT -I/home/marcin/anaconda3/include/libxml2 -I/home/marcin/anaconda3/include -o DNAtoAA.o -c DNAtoAA .с
gcc -fPIC -ansi -Wall -pedantic -g -DGUNZIP_SUPPORT -finline-functions -D XML_SUPPORT -I/home/marcin/anaconda3/include/libxml2 -I/home/marcin/anaconda3/include -o DupePDB.o -c DupePDB .с
gcc -fPIC -ansi -Wall -pedantic -g -DGUNZIP_SUPPORT -finline-functions -D XML_SUPPORT -I/home/marcin/anaconda3/include/libxml2 -I/home/marcin/anaconda3/include -o ExtractZonePDB.o -c ExtractZonePDB .с
gcc -fPIC -ansi -Wall -pedantic -g -DGUNZIP_SUPPORT -finline-functions -D XML_SUPPORT -I/home/marcin/anaconda3/include/libxml2 -I/home/marcin/anaconda3/include -o FNam2PDB.o -c FNam2PDB .с
gcc -fPIC -ansi -Wall -pedantic -g -DGUNZIP_SUPPORT -finline-functions -D XML_SUPPORT -I/home/marcin/anaconda3/include/libxml2 -I/home/marcin/anaconda3/include -o FindAtomInRes.o -c FindAtomInRes .с
gcc -fPIC -ansi -Wall -pedantic -g -DGUNZIP_SUPPORT -finline-functions -D XML_SUPPORT -I/home/marcin/anaconda3/include/libxml2 -I/home/marcin/anaconda3/include -o FindNextChainPDB.o -c FindNextChainPDB .с
gcc -fPIC -ansi -Wall -pedantic -g -DGUNZIP_SUPPORT -finline-functions -D XML_SUPPORT -I/home/marcin/anaconda3/include/libxml2 -I/home/marcin/anaconda3/include -o FindNextResidue.o -c FindNextResidue .с
gcc -fPIC -ansi -Wall -pedantic -g -DGUNZIP_SUPPORT -finline-functions -D XML_SUPPORT -I/home/marcin/anaconda3/include/libxml2 -I/home/marcin/anaconda3/include -o FindResidue.o -c FindResidue .с
gcc -fPIC -ansi -Wall -pedantic -g -DGUNZIP_SUPPORT -finline-functions -D XML_SUPPORT -I/home/marcin/anaconda3/include/libxml2 -I/home/marcin/anaconda3/include -o FindResidueSpec.o -c FindResidueSpec .с
gcc -fPIC -ansi -Wall -pedantic -g -DGUNZIP_SUPPORT -finline-functions -D XML_SUPPORT -I/home/marcin/anaconda3/include/libxml2 -I/home/marcin/anaconda3/include -o FindZonePDB.o -c FindZonePDB .с
gcc -fPIC -ansi -Wall -pedantic -g -DGUNZIP_SUPPORT -finline-functions -D XML_SUPPORT -I/home/marcin/anaconda3/include/libxml2 -I/home/marcin/anaconda3/include -o FitCaCbPDB.o -c FitCaCbPDB .с
gcc -fPIC -ansi -Wall -pedantic -g -DGUNZIP_SUPPORT -finline-functions -D XML_SUPPORT -I/home/marcin/anaconda3/include/libxml2 -I/home/marcin/anaconda3/include -o FitCaPDB.o -c FitCaPDB .с
gcc -fPIC -ansi -Wall -pedantic -g -DGUNZIP_SUPPORT -finline-functions -D XML_SUPPORT -I/home/marcin/anaconda3/include/libxml2 -I/home/marcin/anaconda3/include -o FitPDB.o -c FitPDB .с
gcc -fPIC -ansi -Wall -pedantic -g -DGUNZIP_SUPPORT -finline-functions -D XML_SUPPORT -I/home/marcin/anaconda3/include/libxml2 -I/home/marcin/anaconda3/include -o FixCterPDB.o -c FixCterPDB .с
gcc -fPIC -ansi -Wall -pedantic -g -DGUNZIP_SUPPORT -finline-functions -D XML_SUPPORT -I/home/marcin/anaconda3/include/libxml2 -I/home/marcin/anaconda3/include -o GetCGPDB.o -c GetCGPDB .с
gcc -fPIC -ansi -Wall -pedantic -g -DGUNZIP_SUPPORT -finline-functions -D XML_SUPPORT -I/home/marcin/anaconda3/include/libxml2 -I/home/marcin/anaconda3/include -o GetCofGPDBRange.o -c GetCofGPDBRange .с
gcc -fPIC -ansi -Wall -pedantic -g -DGUNZIP_SUPPORT -finline-functions -D XML_SUPPORT -I/home/marcin/anaconda3/include/libxml2 -I/home/marcin/anaconda3/include -o GetCofGPDBSCRange.o -c GetCofGPDBSCRange .с
gcc -fPIC -ansi -Wall -pedantic -g -DGUNZIP_SUPPORT -finline-functions -D XML_SUPPORT -I/home/marcin/anaconda3/include/libxml2 -I/home/marcin/anaconda3/include -o GetCrystPDB.o -c GetCrystPDB .с
gcc -fPIC -ansi -Wall -pedantic -g -DGUNZIP_SUPPORT -finline-functions -D XML_SUPPORT -I/home/marcin/anaconda3/include/libxml2 -I/home/marcin/anaconda3/include -o GetPDBByN.o -c GetPDBByN .с
gcc -fPIC -ansi -Wall -pedantic -g -DGUNZIP_SUPPORT -finline-functions -D XML_SUPPORT -I/home/marcin/anaconda3/include/libxml2 -I/home/marcin/anaconda3/include -o GetPDBChainLabels.o -c GetPDBChainLabels .с
gcc -fPIC -ansi -Wall -pedantic -g -DGUNZIP_SUPPORT -finline-functions -D XML_SUPPORT -I/home/marcin/anaconda3/include/libxml2 -I/home/marcin/anaconda3/include -o GetPDBCoor.o -c GetPDBCoor .с
gcc -fPIC -ansi -Wall -pedantic -g -DGUNZIP_SUPPORT -finline-functions -D XML_SUPPORT -I/home/marcin/anaconda3/include/libxml2 -I/home/marcin/anaconda3/include -o HAddPDB.o -c HAddPDB .с
HAddPDB.c: В функции «blOpenPGPFile»:
HAddPDB.c:1388:31: предупреждение: «sprintf» может записать завершающий нуль после конца адресата [-Wformat-overflow=]
 1388 | sprintf(буфер,"%s/%s",каталог данных,базовое имя);
      | ^
HAddPDB.c:1388:10: примечание: «sprintf» выводит 2 или более байта (при условии, что 161) в место назначения размером 160
 1388 | sprintf(буфер,"%s/%s",каталог данных,базовое имя);
      | ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
gcc -fPIC -ansi -Wall -pedantic -g -DGUNZIP_SUPPORT -finline-functions -D XML_SUPPORT -I/home/marcin/anaconda3/include/libxml2 -I/home/marcin/anaconda3/include -o InPDBZone.o -c InPDBZone .с
gcc -fPIC -ansi -Wall -pedantic -g -DGUNZIP_SUPPORT -finline-functions -D XML_SUPPORT -I/home/marcin/anaconda3/include/libxml2 -I/home/marcin/anaconda3/include -o InPDBZoneSpec.o -c InPDBZoneSpec .с
gcc -fPIC -ansi -Wall -pedantic -g -DGUNZIP_SUPPORT -finline-functions -D XML_SUPPORT -I/home/marcin/anaconda3/include/libxml2 -I/home/marcin/anaconda3/include -o IndexPDB.o -c IndexPDB .с
gcc -fPIC -ansi -Wall -pedantic -g -DGUNZIP_SUPPORT -finline-functions -D XML_SUPPORT -I/home/marcin/anaconda3/include/libxml2 -I/home/marcin/anaconda3/include -o KillPDB.o -c KillPDB .с
gcc -fPIC -ansi -Wall -pedantic -g -DGUNZIP_SUPPORT -finline-functions -D XML_SUPPORT -I/home/marcin/anaconda3/include/libxml2 -I/home/marcin/anaconda3/include -o KillSidechain.o -c KillSidechain .с
gcc -fPIC -ansi -Wall -pedantic -g -DGUNZIP_SUPPORT -finline-functions -D XML_SUPPORT -I/home/marcin/anaconda3/include/libxml2 -I/home/marcin/anaconda3/include -o KnownSeqLen.o -c KnownSeqLen .с
gcc -fPIC -ansi -Wall -pedantic -g -DGUNZIP_SUPPORT -finline-functions -D XML_SUPPORT -I/home/marcin/anaconda3/include/libxml2 -I/home/marcin/anaconda3/include -o LegalAtomSpec.o -c LegalAtomSpec .с
gcc -fPIC -ansi -Wall -pedantic -g -DGUNZIP_SUPPORT -finline-functions -D XML_SUPPORT -I/home/marcin/anaconda3/include/libxml2 -I/home/marcin/anaconda3/include -o MovePDB.o -c MovePDB .с
gcc -fPIC -ansi -Wall -pedantic -g -DGUNZIP_SUPPORT -finline-functions -D XML_SUPPORT -I/home/marcin/anaconda3/include/libxml2 -I/home/marcin/anaconda3/include -o NumericAlign.o -c NumericAlign .с
gcc -fPIC -ansi -Wall -pedantic -g -DGUNZIP_SUPPORT -finline-functions -D XML_SUPPORT -I/home/marcin/anaconda3/include/libxml2 -I/home/marcin/anaconda3/include -o OrderPDB.o -c OrderPDB .с
gcc -fPIC -ansi -Wall -pedantic -g -DGUNZIP_SUPPORT -finline-functions -D XML_SUPPORT -I/home/marcin/anaconda3/include/libxml2 -I/home/marcin/anaconda3/include -o OriginPDB.o -c OriginPDB .с
gcc -fPIC -ansi -Wall -pedantic -g -DGUNZIP_SUPPORT -finline-functions -D XML_SUPPORT -I/home/marcin/anaconda3/include/libxml2 -I/home/marcin/anaconda3/include -o PDB2Seq.o -c PDB2Seq .с
gcc -fPIC -ansi -Wall -pedantic -g -DGUNZIP_SUPPORT -finline-functions -D XML_SUPPORT -I/home/marcin/anaconda3/include/libxml2 -I/home/marcin/anaconda3/include -o ParseRes.o -c ParseRes .с
gcc -fPIC -ansi -Wall -pedantic -g -DGUNZIP_SUPPORT -finline-functions -D XML_SUPPORT -I/home/marcin/anaconda3/include/libxml2 -I/home/marcin/anaconda3/include -o RdSSPDB.o -c RdSSPDB .с
gcc -fPIC -ansi -Wall -pedantic -g -DGUNZIP_SUPPORT -finline-functions -D XML_SUPPORT -I/home/marcin/anaconda3/include/libxml2 -I/home/marcin/anaconda3/include -o RdSecPDB.o -c RdSecPDB .с
gcc -fPIC -ansi -Wall -pedantic -g -DGUNZIP_SUPPORT -finline-functions -D XML_SUPPORT -I/home/marcin/anaconda3/include/libxml2 -I/home/marcin/anaconda3/include -o RdSeqPDB.o -c RdSeqPDB .с
gcc -fPIC -ansi -Wall -pedantic -g -DGUNZIP_SUPPORT -finline-functions -D XML_SUPPORT -I/home/marcin/anaconda3/include/libxml2 -I/home/marcin/anaconda3/include -o ReadCSSR.o -c ReadCSSR .с
gcc -fPIC -ansi -Wall -pedantic -g -DGUNZIP_SUPPORT -finline-functions -D XML_SUPPORT -I/home/marcin/anaconda3/include/libxml2 -I/home/marcin/anaconda3/include -o ReadPDB.o -c ReadPDB .с
В файле, включенном из /home/marcin/anaconda3/include/libxml2/libxml/encoding.h:31,
                 из /home/marcin/anaconda3/include/libxml2/libxml/parser.h:810,
                 из ReadPDB.c:324:
/home/marcin/anaconda3/include/unicode/ucnv.h:1:1: ошибка: комментарии в стиле C++ не допускаются в ISO C90
    1 | // Copyright (C) 2016 и более поздние версии: Unicode, Inc. и другие.
      | ^
/home/marcin/anaconda3/include/unicode/ucnv.h:1:1: примечание: (это будет сообщено только один раз для каждого входного файла)
В файле, включенном из /home/marcin/anaconda3/include/unicode/ucnv.h:52,
                 из /home/marcin/anaconda3/include/libxml2/libxml/encoding.h:31,
                 из /home/marcin/anaconda3/include/libxml2/libxml/parser.h:810,
                 из ReadPDB.c:324:
/home/marcin/anaconda3/include/unicode/ucnv_err.h:1:1: ошибка: комментарии в стиле C++ не разрешены в ISO C90
    1 | // Copyright (C) 2016 и более поздние версии: Unicode, Inc. и другие.
      | ^
/home/marcin/anaconda3/include/unicode/ucnv_err.h:1:1: примечание: (об этом сообщается только один раз для входного файла)
В файле, включенном из /home/marcin/anaconda3/include/unicode/ucnv_err.h:88,
                 из /home/marcin/anaconda3/include/unicode/ucnv.h:52,
                 из /home/marcin/anaconda3/include/libxml2/libxml/encoding.h:31,
                 из /home/marcin/anaconda3/include/libxml2/libxml/parser.h:810,
                 из ReadPDB.c:324:
/home/marcin/anaconda3/include/unicode/utypes.h:1:1: ошибка: комментарии в стиле C++ не разрешены в ISO C90
    1 | // Copyright (C) 2016 и более поздние версии: Unicode, Inc. и другие.
      | ^
/home/marcin/anaconda3/include/unicode/utypes.h:1:1: примечание: (это будет сообщено только один раз для каждого входного файла)
В файле, включенном из /home/marcin/anaconda3/include/unicode/utypes.h:38,
                 из /home/marcin/anaconda3/include/unicode/ucnv_err.h:88,
                 из /home/marcin/anaconda3/include/unicode/ucnv.h:52,
                 из /home/marcin/anaconda3/include/libxml2/libxml/encoding.h:31,
                 из /home/marcin/anaconda3/include/libxml2/libxml/parser.h:810,
                 из ReadPDB.c:324:
/home/marcin/anaconda3/include/unicode/umachine.h:1:1: ошибка: комментарии в стиле C++ не допускаются в ISO C90
    1 | // Copyright (C) 2016 и более поздние версии: Unicode, Inc. и другие.
      | ^
/home/marcin/anaconda3/include/unicode/umachine.h:1:1: примечание: (это будет сообщено только один раз для каждого входного файла)
В файле, включенном из /home/marcin/anaconda3/include/unicode/umachine.h:46,
                 из /home/marcin/anaconda3/include/unicode/utypes.h:38,
                 из /home/marcin/anaconda3/include/unicode/ucnv_err.h:88,
                 из /home/marcin/anaconda3/include/unicode/ucnv.h:52,
                 из /home/marcin/anaconda3/include/libxml2/libxml/encoding.h:31,
                 из /home/marcin/anaconda3/include/libxml2/libxml/parser.h:810,
                 из ReadPDB.c:324:
/home/marcin/anaconda3/include/unicode/ptypes.h:1:1: ошибка: комментарии в стиле C++ не разрешены в ISO C90
    1 | // Copyright (C) 2016 и более поздние версии: Unicode, Inc. и другие.
      | ^
/home/marcin/anaconda3/include/unicode/ptypes.h:1:1: примечание: (это будет сообщено только один раз для входного файла)
В файле, включенном из /home/marcin/anaconda3/include/unicode/ptypes.h:52,
                 из /home/marcin/anaconda3/include/unicode/umachine.h:46,
                 из /home/marcin/anaconda3/include/unicode/utypes.h:38,
                 из /home/marcin/anaconda3/include/unicode/ucnv_err.h:88,
                 из /home/marcin/anaconda3/include/unicode/ucnv.h:52,
                 из /home/marcin/anaconda3/include/libxml2/libxml/encoding.h:31,
                 из /home/marcin/anaconda3/include/libxml2/libxml/parser.h:810,
                 из ReadPDB.c:324:
/home/marcin/anaconda3/include/unicode/platform.h:1:1: ошибка: комментарии в стиле C++ не допускаются в ISO C90
    1 | // Copyright (C) 2016 и более поздние версии: Unicode, Inc. и другие.
      | ^
/home/marcin/anaconda3/include/unicode/platform.h:1:1: примечание: (это будет сообщено только один раз для каждого входного файла)
В файле, включенном из /home/marcin/anaconda3/include/unicode/platform.h:24,
                 из /home/marcin/anaconda3/include/unicode/ptypes.h:52,
                 из /home/marcin/anaconda3/include/unicode/umachine.h:46,
                 из /home/marcin/anaconda3/include/unicode/utypes.h:38,
                 из /home/marcin/anaconda3/include/unicode/ucnv_err.h:88,
                 из /home/marcin/anaconda3/include/unicode/ucnv.h:52,
                 из /home/marcin/anaconda3/include/libxml2/libxml/encoding.h:31,
                 из /home/marcin/anaconda3/include/libxml2/libxml/parser.h:810,
                 из ReadPDB.c:324:
/home/marcin/anaconda3/include/unicode/uconfig.h:1:1: ошибка: комментарии в стиле C++ не допускаются в ISO C90
    1 | // Copyright (C) 2016 и более поздние версии: Unicode, Inc. и другие.
      | ^
/home/marcin/anaconda3/include/unicode/uconfig.h:1:1: примечание: (это будет сообщено только один раз для каждого входного файла)
В файле, включенном из /home/marcin/anaconda3/include/unicode/platform.h:25,
                 из /home/marcin/anaconda3/include/unicode/ptypes.h:52,
                 из /home/marcin/anaconda3/include/unicode/umachine.h:46,
                 из /home/marcin/anaconda3/include/unicode/utypes.h:38,
                 из /home/marcin/anaconda3/include/unicode/ucnv_err.h:88,
                 из /home/marcin/anaconda3/include/unicode/ucnv.h:52,
                 из /home/marcin/anaconda3/include/libxml2/libxml/encoding.h:31,
                 из /home/marcin/anaconda3/include/libxml2/libxml/parser.h:810,
                 из ReadPDB.c:324:
/home/marcin/anaconda3/include/unicode/uvernum.h:1:1: ошибка: комментарии в стиле C++ не разрешены в ISO C90
    1 | // Copyright (C) 2016 и более поздние версии: Unicode, Inc. и другие.
      | ^
/home/marcin/anaconda3/include/unicode/uvernum.h:1:1: примечание: (это будет сообщено только один раз для каждого входного файла)
В файле, включенном из /home/marcin/anaconda3/include/unicode/umachine.h:379,
                 из /home/marcin/anaconda3/include/unicode/utypes.h:38,
                 из /home/marcin/anaconda3/include/unicode/ucnv_err.h:88,
                 из /home/marcin/anaconda3/include/unicode/ucnv.h:52,
                 из /home/marcin/anaconda3/include/libxml2/libxml/encoding.h:31,
                 из /home/marcin/anaconda3/include/libxml2/libxml/parser.h:810,
                 из ReadPDB.c:324:
/home/marcin/anaconda3/include/unicode/urename.h:1:1: ошибка: комментарии в стиле C++ не разрешены в ISO C90
    1 | // Copyright (C) 2016 и более поздние версии: Unicode, Inc. и другие.
      | ^
/home/marcin/anaconda3/include/unicode/urename.h:1:1: примечание: (это будет сообщено только один раз для входного файла)
В файле, включенном из /home/marcin/anaconda3/include/unicode/utypes.h:39,
                 из /home/marcin/anaconda3/include/unicode/ucnv_err.h:88,
                 из /home/marcin/anaconda3/include/unicode/ucnv.h:52,
                 из /home/marcin/anaconda3/include/libxml2/libxml/encoding.h:31,
                 из /home/marcin/anaconda3/include/libxml2/libxml/parser.h:810,
                 из ReadPDB.c:324:
/home/marcin/anaconda3/include/unicode/uversion.h:1:1: ошибка: комментарии в стиле C++ не допускаются в ISO C90
    1 | // Copyright (C) 2016 и более поздние версии: Unicode, Inc. и другие.
      | ^
/home/marcin/anaconda3/include/unicode/uversion.h:1:1: примечание: (об этом будет сообщено только один раз для каждого входного файла)
В файле, включенном из /home/marcin/anaconda3/include/unicode/utypes.h:44,
                 из /home/marcin/anaconda3/include/unicode/ucnv_err.h:88,
                 из /home/marcin/anaconda3/include/unicode/ucnv.h:52,
                 из /home/marcin/anaconda3/include/libxml2/libxml/encoding.h:31,
                 из /home/marcin/anaconda3/include/libxml2/libxml/parser.h:810,
                 из ReadPDB.c:324:
/home/marcin/anaconda3/include/unicode/utf.h:1:1: ошибка: комментарии в стиле C++ не допускаются в ISO C90
    1 | // Copyright (C) 2016 и более поздние версии: Unicode, Inc. и другие.
      | ^
/home/marcin/anaconda3/include/unicode/utf.h:1:1: примечание: (это будет сообщено только один раз для каждого входного файла)
В файле, включенном из /home/marcin/anaconda3/include/unicode/utf.h:217,
                 из /home/marcin/anaconda3/include/unicode/utypes.h:44,
                 из /home/marcin/anaconda3/include/unicode/ucnv_err.h:88,
                 из /home/marcin/anaconda3/include/unicode/ucnv.h:52,
                 из /home/marcin/anaconda3/include/libxml2/libxml/encoding.h:31,
                 из /home/marcin/anaconda3/include/libxml2/libxml/parser.h:810,
                 из ReadPDB.c:324:
/home/marcin/anaconda3/include/unicode/utf8.h:1:1: ошибка: комментарии в стиле C++ не разрешены в ISO C90
    1 | // Copyright (C) 2016 и более поздние версии: Unicode, Inc. и другие.
      | ^
/home/marcin/anaconda3/include/unicode/utf8.h:1:1: примечание: (это будет сообщено только один раз для каждого входного файла)
В файле, включенном из /home/marcin/anaconda3/include/unicode/utf.h:218,
                 из /home/marcin/anaconda3/include/unicode/utypes.h:44,
                 из /home/marcin/anaconda3/include/unicode/ucnv_err.h:88,
                 из /home/marcin/anaconda3/include/unicode/ucnv.h:52,
                 из /home/marcin/anaconda3/include/libxml2/libxml/encoding.h:31,
                 из /home/marcin/anaconda3/include/libxml2/libxml/parser.h:810,
                 из ReadPDB.c:324:
/home/marcin/anaconda3/include/unicode/utf16.h:1:1: ошибка: комментарии в стиле C++ не разрешены в ISO C90
    1 | // Copyright (C) 2016 и более поздние версии: Unicode, Inc. и другие.
      | ^
/home/marcin/anaconda3/include/unicode/utf16.h:1:1: примечание: (это будет сообщено только один раз для каждого входного файла)
В файле, включенном из /home/marcin/anaconda3/include/unicode/utf.h:221,
                 из /home/marcin/anaconda3/include/unicode/utypes.h:44,
                 из /home/marcin/anaconda3/include/unicode/ucnv_err.h:88,
                 из /home/marcin/anaconda3/include/unicode/ucnv.h:52,
                 из /home/marcin/anaconda3/include/libxml2/libxml/encoding.h:31,
                 из /home/marcin/anaconda3/include/libxml2/libxml/parser.h:810,
                 из ReadPDB.c:324:
/home/marcin/anaconda3/include/unicode/utf_old.h:1:1: ошибка: комментарии в стиле C++ не разрешены в ISO C90
    1 | // Copyright (C) 2016 и более поздние версии: Unicode, Inc. и другие.
      | ^
/home/marcin/anaconda3/include/unicode/utf_old.h:1:1: примечание: (это будет сообщено только один раз для каждого входного файла)
В файле, включенном из /home/marcin/anaconda3/include/unicode/utf_old.h:150,
                 из /home/marcin/anaconda3/include/unicode/utf.h:221,
                 из /home/marcin/anaconda3/include/unicode/utypes.h:44,
                 из /home/marcin/anaconda3/include/unicode/ucnv_err.h:88,
                 из /home/marcin/anaconda3/include/unicode/ucnv.h:52,
                 из /home/marcin/anaconda3/include/libxml2/libxml/encoding.h:31,
                 из /home/marcin/anaconda3/include/libxml2/libxml/parser.h:810,
                 из ReadPDB.c:324:
/home/marcin/anaconda3/include/unicode/utf.h:1:1: ошибка: комментарии в стиле C++ не допускаются в ISO C90
    1 | // Copyright (C) 2016 и более поздние версии: Unicode, Inc. и другие.
      | ^
/home/marcin/anaconda3/include/unicode/utf.h:1:1: примечание: (это будет сообщено только один раз для каждого входного файла)
В файле, включенном из /home/marcin/anaconda3/include/unicode/ucnv_err.h:88,
                 из /home/marcin/anaconda3/include/unicode/ucnv.h:52,
                 из /home/marcin/anaconda3/include/libxml2/libxml/encoding.h:31,
                 из /home/marcin/anaconda3/include/libxml2/libxml/parser.h:810,
                 из ReadPDB.c:324:
/home/marcin/anaconda3/include/unicode/utypes.h:428:9: предупреждение: дополнительные токены в конце директивы #endif [-Wendif-labels]
  428 | #endif // U_HIDE_DEPRECATED_API
      | ^
/home/marcin/anaconda3/include/unicode/utypes.h:470:9: предупреждение: дополнительные токены в конце директивы #endif [-Wendif-labels]
  470 | #endif // U_HIDE_DEPRECATED_API
      | ^
/home/marcin/anaconda3/include/unicode/utypes.h:517:9: предупреждение: дополнительные токены в конце директивы #endif [-Wendif-labels]
  517 | #endif // U_HIDE_DEPRECATED_API
      | ^
/home/marcin/anaconda3/include/unicode/utypes.h:548:9: предупреждение: дополнительные токены в конце директивы #endif [-Wendif-labels]
  548 | #endif // U_HIDE_DEPRECATED_API
      | ^
/home/marcin/anaconda3/include/unicode/utypes.h:574:9: предупреждение: дополнительные токены в конце директивы #endif [-Wendif-labels]
  574 | #endif // U_HIDE_DEPRECATED_API
      | ^
/home/marcin/anaconda3/include/unicode/utypes.h:610:9: предупреждение: дополнительные токены в конце директивы #endif [-Wendif-labels]
  610 | #endif // U_HIDE_DEPRECATED_API
      | ^
/home/marcin/anaconda3/include/unicode/utypes.h:631:9: предупреждение: дополнительные токены в конце директивы #endif [-Wendif-labels]
  631 | #endif // U_HIDE_DEPRECATED_API
      | ^
/home/marcin/anaconda3/include/unicode/utypes.h:651:9: предупреждение: дополнительные токены в конце директивы #endif [-Wendif-labels]
  651 | #endif // U_HIDE_DEPRECATED_API
      | ^
/home/marcin/anaconda3/include/unicode/utypes.h:659:9: предупреждение: дополнительные токены в конце директивы #endif [-Wendif-labels]
  659 | #endif // U_HIDE_DEPRECATED_API
      | ^
В файле, включенном из /home/marcin/anaconda3/include/unicode/ucnv.h:53,
                 из /home/marcin/anaconda3/include/libxml2/libxml/encoding.h:31,
                 из /home/marcin/anaconda3/include/libxml2/libxml/parser.h:810,
                 из ReadPDB.c:324:
/home/marcin/anaconda3/include/unicode/uenum.h:1:1: ошибка: комментарии в стиле C++ не допускаются в ISO C90
    1 | // Copyright (C) 2016 и более поздние версии: Unicode, Inc. и другие.
      | ^
/home/marcin/anaconda3/include/unicode/uenum.h:1:1: примечание: (это будет сообщено только один раз для каждого входного файла)
В файле, включенном из /home/marcin/anaconda3/include/unicode/uenum.h:23,
                 из /home/marcin/anaconda3/include/unicode/ucnv.h:53,
                 из /home/marcin/anaconda3/include/libxml2/libxml/encoding.h:31,
                 из /home/marcin/anaconda3/include/libxml2/libxml/parser.h:810,
                 из ReadPDB.c:324:
/home/marcin/anaconda3/include/unicode/localpointer.h:1:1: ошибка: комментарии в стиле C++ не допускаются в ISO C90
    1 | // Copyright (C) 2016 и более поздние версии: Unicode, Inc. и другие.
      | ^
/home/marcin/anaconda3/include/unicode/localpointer.h:1:1: примечание: (это будет сообщено только один раз для каждого входного файла)
В файле, включенном из /home/marcin/anaconda3/include/libxml2/libxml/encoding.h:31,
                 из /home/marcin/anaconda3/include/libxml2/libxml/parser.h:810,
                 из ReadPDB.c:324:
/home/marcin/anaconda3/include/unicode/ucnv.h:952:9: предупреждение: дополнительные токены в конце директивы #endif [-Wendif-labels]
  952 | #endif // U_HIDE_DEPRECATED_API
      | ^
make[1]: *** [Makefile:125: ReadPDB.o] ошибка 1
make[1]: выход из каталога '/home/marcin/bioptools-1.9/src/libsrc/bioplib/src'
make: *** [Makefile:16: bioplib] ошибка 2
38
0 + 2
флаг hr
steeldriver
Процесс сборки, кажется, размещает файлы заголовков в `/home/marcin/anaconda3/include/` вместо системного `/usr/include` - я не уверен, что это желательно. Возможно, в вашей среде есть переменные, связанные с компилятором (`CFLAGS` и т. д.)?
0
Ответить
флаг jp
MTG
@steeldriver спасибо :) Я просто деактивировал базовую среду conda, и проблема решена!
0
Ответить
флаг Moldova
Admin
Этот вопрос на других языках:

Ответить или комментировать

Большинство людей не понимают, что склонность к познанию нового открывает путь к обучению и улучшает межличностные связи. В исследованиях Элисон, например, хотя люди могли точно вспомнить, сколько вопросов было задано в их разговорах, они не чувствовали интуитивно связи между вопросами и симпатиями. В четырех исследованиях, в которых участники сами участвовали в разговорах или читали стенограммы чужих разговоров, люди, как правило, не осознавали, что задаваемый вопрос повлияет — или повлиял — на уровень дружбы между собеседниками.