Рейтинг:1

Можно ли предотвратить конфликты пакетов R при обновлении Ubuntu 16.04 LTS с R с CRAN до Ubuntu 18.04 LTS?

флаг zw

Я полностью обновил Ubuntu 16.04.7 LTS amd64, который был настроен для RMarkdown/bookdown, публикации LaTeX с помощью следующих команд:

sudo apt-get установить apt-transport-https

кошка <<ЕОФ | sudo тройник /etc/apt/sources.list.d/r-cran.list
деб https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu xenial/
EOF
sudo apt-key adv --keyserver keyserver.ubuntu.com --recv-keys E298A3A825C0D65DFD57CBB651716619E084DAB9

sudo apt-получить обновление

sudo apt-get install -y r-base-dev libssl-dev libjpeg62 libgstreamer0.10-0 libgstreamer-plugins-base0.10-0 caliber
sudo apt-get install -y biber texlive-lang-cyrillic fonts-cmu texlive-xetex texlive-fonts-extra texlive-math-extra font-manager ttf-mscorefonts-installer lmodern
sudo apt-get install -y build-essential libcurl4-openssl-dev libxml2-dev libcairo2-dev git

wget https://github.com/jgm/pandoc/releases/download/2.11.4/pandoc-2.11.4-1-amd64.deb -O /tmp/pandoc.deb
sudo apt-get install -y /tmp/pandoc.deb

wget -c https://download1.rstudio.org/desktop/xenial/amd64/rstudio-1.4.1106-amd64.deb -O /tmp/rstudio.deb
sudo apt-get install -y /tmp/rstudio.deb

mkdir -p ~/R/x86_64-pc-linux-gnu-библиотека/3.4
R -e "install.packages(c('bookdown','tikzDevice','xaringan'), repos='http://cran.rstudio.com/', lib='/home/$USER/R/x86_64 -pc-linux-gnu-библиотека/3.4')"

Это означает, что его /etc/apt/sources.list /etc/apt/sources.list.d/*.list содержит следующие строки:

$ grep ^deb -r /etc/apt/ --include=*.list
/etc/apt/sources.list.d/r-cran.list:deb https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu xenial/
/etc/apt/sources.list:deb http://archive.ubuntu.com/ubuntu/ xenial main limited
/etc/apt/sources.list:deb http://archive.ubuntu.com/ubuntu/ xenial-updates основной ограниченный
/etc/apt/sources.list:deb http://archive.ubuntu.com/ubuntu/ вселенная xenial
/etc/apt/sources.list:deb http://archive.ubuntu.com/ubuntu/ вселенная xenial-updates
/etc/apt/sources.list:deb http://archive.ubuntu.com/ubuntu/ xenial multiverse
/etc/apt/sources.list:deb http://archive.ubuntu.com/ubuntu/ xenial-updates multiverse
/etc/apt/sources.list:deb http://archive.ubuntu.com/ubuntu/ xenial-backports основная ограниченная вселенная мультивселенная
/etc/apt/sources.list:deb http://security.ubuntu.com/ubuntu xenial-security основной ограниченный
/etc/apt/sources.list:deb http://security.ubuntu.com/ubuntu вселенная xenial-security
/etc/apt/sources.list:deb http://security.ubuntu.com/ubuntu xenial-security multiverse

и эта система имеет следующий набор пакетов R:

$ дпкг -л | grep "^ii р-"
ii r-base 3.4.4-1xenial0 вся система статистических вычислений и графики GNU R
ii r-base-core 3.4.4-1xenial0 amd64 GNU R ядро ​​системы статистических вычислений и графики
ii r-base-dev 3.4.4-1xenial0 установка всех GNU R вспомогательных пакетов GNU R
ii r-base-html 3.4.4-1xenial0 все HTML-документы GNU R для функций системы статистических вычислений
ii r-cran-boot 1.3-20-1xenial0 весь пакет GNU R для функций начальной загрузки от Davison и Hinkley
ii r-cran-class 7.3-14-2xenial0 amd64 Пакет GNU R для классификации
ii r-cran-cluster 2.0.7-1-1xenial0 amd64 Пакет GNU R для кластерного анализа от Rousseeuw et al.
ii r-cran-codetools 0.2-15-1cran1xenial0 весь пакет GNU R "Инструменты анализа кода для R"
ii r-cran-foreign 0.8.70-1xenial0 amd64 Пакет GNU R для чтения/записи данных из других стат. системы
ii r-cran-kernsmooth 2.23-15-3xenial0 amd64 Пакет GNU R для сглаживания ядра и оценки плотности
ii r-cran-lattice 0.20-38-1cran1xenial0 amd64 Пакет GNU R "Trellis Graphics for R"
ii r-cran-mass 7.3-50-1xenial0 amd64 GNU R пакет Venables и Ripley's MASS
ii r-cran-matrix 1.2-14-1xenial0 amd64 Пакет классов GNU R для плотных и разреженных матриц
ii r-cran-mgcv 1.8-28-1cran1xenial0 amd64 Пакет GNU R "Смешанная вычислительная машина GAM с
ii r-cran-nlme 3.1.137-1xenial0 amd64 Пакет GNU R для (не)линейных моделей смешанных эффектов
ii r-cran-nnet 7.3-12-2xenial0 amd64 Пакет GNU R для нейронных сетей с прямой связью
ii r-cran-rpart 4.1-15-1cran1xenial0 amd64 Пакет GNU R «Рекурсивное разбиение и регрессия
ii r-cran-spatial 7.3-11-1xenial0 amd64 Пакет GNU R для пространственной статистики
ii r-cran-survival 2.44-1.1-1cran1xenial0 amd64 Пакет GNU R «Анализ выживания»
ii r-doc-html 3.4.4-1xenial0 все HTML-руководства GNU R для системы статистических вычислений
ii r-recommended 3.4.4-1xenial0 вся коллекция рекомендуемых пакетов GNU R [метапакет]

Из предыдущего опыта я знаю, что некоторые пакеты R новее, чем версии из официального репозитория Ubuntu 18.04.6 LTS.

Как мне правильно обновить Ubuntu 16.04.7 LTS до Ubuntu 18.04.6 LTS в этой ситуации?

Рейтинг:1
флаг zw

Чтобы без проблем запустить процесс обновления с Ubuntu 16.04.7 LTS с R 3.4 из CRAN, необходимо сделать следующее:

  1. Резервное копирование списка установленных пакетов R

    дпкг -л | grep "^ii r-" | awk '{print $2}' > ~/r-debs.txt
    
  2. Удалить КРАН r-cran.list Исходный файл APT

    sudo rm /etc/apt/sources.list.d/r-cran.list
    
  3. Удалить R-пакеты

    sudo apt-get autoremove $(cat r-debs.txt) --purge
    
  4. Установите пакеты R обратно, используя версии из официальных репозиториев.

    sudo apt-get install $(cat r-debs.txt)
    
  5. Установите возможные обновления

    sudo apt-получить обновление
    sudo apt-получить дист-обновление
    

    затем перезагрузитесь.

  6. Обновите Ubuntu как обычно, используя sudo сделать-релиз-обновление или же менеджер обновлений -c .

  7. Обновите RStudio с помощью следующей команды:

    wget -c https://download1.rstudio.org/desktop/bionic/amd64/rstudio-1.4.1717-amd64.deb -O /tmp/rstudio.deb
    sudo apt-get install -y /tmp/rstudio.deb
    

Получившаяся система Ubuntu 18.04.6 LTS будет иметь полнофункциональную версию R 3.4 из официального репозитория.

Ответить или комментировать

Большинство людей не понимают, что склонность к познанию нового открывает путь к обучению и улучшает межличностные связи. В исследованиях Элисон, например, хотя люди могли точно вспомнить, сколько вопросов было задано в их разговорах, они не чувствовали интуитивно связи между вопросами и симпатиями. В четырех исследованиях, в которых участники сами участвовали в разговорах или читали стенограммы чужих разговоров, люди, как правило, не осознавали, что задаваемый вопрос повлияет — или повлиял — на уровень дружбы между собеседниками.