Синтаксическая ошибка при использовании End of Message (EOM) внутри цикла while в сценарии оболочки Ubuntu

У меня есть код, содержащий команду, в которой пользователю предлагается выбрать вариант из показанных в меню. Это нужно многократно выполнять несколько раз, поэтому я использовал цикл while. Теперь я использовал метод EOM (конец сообщения), чтобы ввести данные при появлении запроса. При использовании я заметил, что этот метод вызывает следующую ошибку при выполнении. Я сузил ошибку до этой части кода (строки 80–83) и не могу ее пройти.

Пожалуйста, помогите мне решить эту проблему.

Строки, в которых возникает ошибка:

ТЕМП="q"
gmx_mpi make_ndx -f pull_sim.gro -o index.ndx <<EOM
$TEMP
ЕОМ

Ошибка:

./Run_Pull_Code.sh: 105: Синтаксическая ошибка: неожиданный конец файла (ожидание «готово»)

Пожалуйста, найдите полный следующий код (см. строки с 80 по 83 здесь):

#!/бин/ш
# Комментарий выше устанавливает файл sh для выполнения в качестве интерпретатора (построчно)

# Находим текущий рабочий каталог
BASEDIR=$(pwd)
echo "Сейчас я нахожусь в следующем каталоге:"
эхо "$BASEDIR"
эхо " "


################################################### #########################################
# Установка позиций и декрементов кода вытягивания (Все в нм)
################################################### #########################################
DECREMENT=0,5 # Шаги в нм
RANGE=1 #От самой высокой до самой низкой позиции
MID_POS=9.327 # Наблюдение за высшей молекулой воды (атомом O) на поверхности воды
INIT_POS=$( echo "$MID_POS + $RANGE" | bc -l) # Начальная позиция
LAST_POS=$( echo "$MID_POS - $RANGE" | bc -l) # Конечная позиция
CURR_POS=$INIT_POS # Назначение исходной позиции текущей позицией


LOOP_CNT=0
в то время как [ 1 -eq "$(echo "${LAST_POS} <= ${CURR_POS}" | bc)" ]
делать 
    # увеличить значение
    LOOP_CNT=$(эхо "$LOOP_CNT + 1" | bc -l)
    РАССТОЯНИЕ=$CURR_POS

    # Установка номера цикла (X) в качестве номера кода извлечения для симуляции (X)
    SIM_CNT=$LOOP_CNT

    # Создание каталогов (1) X_Pull (2) X_Pull/Making
    DIR_NAME_MAIN=$SIM_CNT"_Pull"
    mkdir $DIR_NAME_MAIN
    DIR_NAME_MAKING=$SIM_CNT"_Вытягивание/Изготовление"
    mkdir $DIR_NAME_MAKING
    
    эхо " "
    echo "Я создал каталоги."
    эхо " "

    # Копирование файлов из папки предварительных условий во вновь созданную папку
    cp Предварительные требования/Avo_decanol.pdb Предварительные требования/water_box.pdb $DIR_NAME_MAKING
    cp Prerequisites/simulation_file.mdp Prerequisites/topol.top $DIR_NAME_MAIN
    
    ################################################### #########################################
    # Делаем симуляционную коробку "pull_sim.gro"
    ################################################### #########################################
    компакт-диск $DIR_NAME_MAKING
    #(1) Зафиксируйте расстояние деканола от поверхности воды и сделайте единственную деканоловую коробку с такими же размерами, как и у водяной коробки.
    РАССТОЯНИЕ=9,5 
    gmx_mpi editconf -f Avo_decanol.pdb -o Dec_box.pdb -center 2.5 2.5 $DISTANCE -box 5 5 12
    #(2) СОЗДАНИЕ CONSTANT HEADER И ENDER cat файлов в формате PDB
    # Первые 4 строки любого файла PDB содержат информацию о размере коробки, имени и т. д.
    # Просто скопируйте четыре строки в отдельный файл HEADER PDB с помощью следующей команды.
    sed -n '1,4p' Dec_box.pdb > HEADER.pdb
    #Последние 2 строки также являются общими для всех файлов PDB, поэтому скопируйте их в файл ENDER PDB с помощью следующей команды.
    sed -n '38,39p' Dec_box.pdb > ENDER.pdb
    #(3) Отделите свойства атома деканола от его PDB-файла (строки с 5 по 37) с помощью следующей команды
    sed -n '5,37p' Dec_box.pdb > file_1.pdb
    #(4) Отделите свойства атома воды от его файла PDB (строка 5 до 15004) с помощью следующей команды
    sed -n '5,15004p' water_box.pdb > file_2.pdb
    #(5) Теперь соедините все вышеперечисленные файлы с PDB-файлом водной поверхности в следующей последовательности:
    cat HEADER.pdb file_1.pdb file_2.pdb ENDER.pdb > pull_sim.pdb
    #(6) Переставить все количество атомов в файле pull_sim.pdb и преобразовать его в файл GRO, файл pull_sim.gro.
    gmx_mpi editconf -f pull_sim.pdb -o pull_sim.gro -center 2.5 2.5 6.0 -box 5.0 5.0 12.0 -resnr 1

    # Копируем недавно созданный файл pull_sim.gro из папки make в предыдущую папку
    CD ../
    cp Изготовление/pull_sim.gro ./
        
    эхо " "
    echo "Пуллбокс создан."
    эхо " "
    
    ################################################### #########################################
    # Запускаем симуляцию
    ################################################### #########################################
    # (1) Создание индексного файла
    ТЕМП="q"
    gmx_mpi make_ndx -f pull_sim.gro -o index.ndx <<EOM
    $TEMP
    ЕОМ
    # (2) Создание файла tpr из модуля grompp
    gmx_mpi grompp -f файл_симуляции.mdp -p topol.top -c pull_sim.gro -n index.ndx -maxwarn 0 -o nvt.tpr
    # Очистка всего содержимого
    чистый
    эхо " "
    echo "#####################************ Моделирование вытягивания: $LOOP_CNT *********** ######################"
    эхо " "
    # (3) мдрун
    gmx_mpi mdrun -v -deffnm nvt -nb gpu -pme gpu -pmefft gpu -bonded gpu
        
    # Возврат в основную папку
    CD ../
    
    # Уменьшение расстояния для следующего цикла
    CURR_POS=$( эхо "$CURR_POS - $DECREMENT" | bc -l)
сделано
    
#чистый
эхо " "
эхо "Завершено"
эхо " "