Есть ли в Linux (Ubuntu) инструмент для обработки результатов полного генетического теста, такой как файл CRAM?

pierrely

13.03.2023, 20:59

Я загружаю файл CRAM объемом 50 ГБ и связанный с ним индексный файл. Вместо того, чтобы постоянно подключаться к интерфейсу тестера, есть ли программа для Linux, которая может с этим справиться. То же самое для результатов родословной.

0 + 0

pierrely

13.03.2023, 21:00

не совсем так, как здесь.

Ответить

waltinator

14.03.2023, 06:21

Прочтите `man apt-cache`. Попробуйте `apt-cache search gen` и `apt-cache search CRAM`, `apt-cache search ancestry.

Ответить

pierrely

15.03.2023, 21:41

@waltinator, спасибо за этот скрытый трюк. Я получил слишком много результатов, но если я сделаю 'apt-cache search CRAM | grep CRAM', которая привела его в порядок. в качестве альтернативы я мог бы отрицать -v для всех нежелательных элементов. sam и sam-gui, кажется, то, что я ищу.

Ответить

pierrely

15.03.2023, 21:44

хотя apt install из них не может найти пакет, но это дает мне подсказку. поиск 'https://duckduckgo.com/?q=linux+ancestry+tools+CRAM&t=ffab&ia=web' дает мне samtools и https://www.htslib.org/doc/samtools-fasta.html

Ответить

pierrely

15.03.2023, 21:59

а еще есть бандл, который включает в себя графический интерфейс и сам. https://brb.nci.nih.gov/seqtools/index.html. требует регистрации, но это сразу же прошло для загрузки. Если это сработает, я опубликую это как ответ.

Ответить

Admin

Этот вопрос на других языках:

EN: Does Linux (Ubuntu) have a tool to handle a full gene test result like a CRAM file?

TH: Linux (Ubuntu) มีเครื่องมือสำหรับจัดการผลการทดสอบยีนแบบเต็มเช่นไฟล์ CRAM หรือไม่

RO: Linux (Ubuntu) are un instrument pentru a gestiona un rezultat complet al testului genetic, cum ar fi un fișier CRAM?

RU: Есть ли в Linux (Ubuntu) инструмент для обработки результатов полного генетического теста, такой как файл CRAM?

VI: Linux (Ubuntu) có công cụ xử lý kết quả kiểm tra gen đầy đủ như tệp CRAM không?

Ответить или комментировать

Большинство людей не понимают, что склонность к познанию нового открывает путь к обучению и улучшает межличностные связи. В исследованиях Элисон, например, хотя люди могли точно вспомнить, сколько вопросов было задано в их разговорах, они не чувствовали интуитивно связи между вопросами и симпатиями. В четырех исследованиях, в которых участники сами участвовали в разговорах или читали стенограммы чужих разговоров, люди, как правило, не осознавали, что задаваемый вопрос повлияет — или повлиял — на уровень дружбы между собеседниками.