Как вырезать интервалы строк файла и поместить их в несколько файлов?

KesiScarlet

14.03.2023, 20:20

У меня есть файл fasta, содержащий такие идентификаторы и последовательности:

>4S3O_2:С
GSMSQAVQTNGTQPLSKTWELSLYELQRTPQEAITDGLEIVVSPRSLHSELMCPICLDMLKNTMTTKECLHRFCADCIITALRSGNKECPTCRKKLVSKRSLRPDPNFDALISKIYPS
>5JH8_1:А
ААМВЛАЙЫСГЯГНИААЛТРЯАСФНАВАВДФИНИТАКГАВТГНДПАНДАЙСФЛЛГРКИПАЙГКВСНВДГГНВСАДИЯХАВСТСАQСКАВАНЛВКФАQДКРФСГИНВДФЭАВАКАГДРННФШФИ

Я хочу рекурсивно вырезать строки, содержащие идентификаторы и последовательности, и поместить их в новые несколько файлов, названных в честь соответствующих идентификаторов (исключая цепочки), так как новый файл содержит

>4S3O_2:С
GSMSQAVQTNGTQPLSKTWELSLYELQRTPQEAITDGLEIVVSPRSLHSELMCPICLDMLKNTMTTKECLHRFCADCIITALRSGNKECPTCRKKLVSKRSLRPDPNFDALISKIYPS

и это называется 4С30_2.фаста

Вот что я пробовал:

awk -F ">" | sed -i -e '$0,$1{w file.fasta d}' BlindSet150.fasta

0 + 0

командная строка

обработка текста

Рейтинг:2

Ubuntu

steeldriver

14.03.2023, 21:31

Вероятно, существует надежный инструмент биоинформатики для извлечения последовательностей fasta в отдельные файлы, но если вы хотите свернуть свои собственные с помощью awk, я бы предложил что-то вроде

awk -F '[>:]' '/^>/ {close(f); f = $2 ".fasta" } f {print > f}' BlindSet150.fasta

0 + 0

Admin

Этот вопрос на других языках:

EN: How to cut intervals of lines of a file and put them into multiple files?

TH: จะตัดช่วงบรรทัดของไฟล์และใส่ลงในหลายไฟล์ได้อย่างไร

RO: Cum să tăiați intervalele de linii ale unui fișier și să le puneți în mai multe fișiere?

RU: Как вырезать интервалы строк файла и поместить их в несколько файлов?

VI: Làm cách nào để cắt khoảng cách giữa các dòng của một tệp và đặt chúng vào nhiều tệp?

Ответить или комментировать

Большинство людей не понимают, что склонность к познанию нового открывает путь к обучению и улучшает межличностные связи. В исследованиях Элисон, например, хотя люди могли точно вспомнить, сколько вопросов было задано в их разговорах, они не чувствовали интуитивно связи между вопросами и симпатиями. В четырех исследованиях, в которых участники сами участвовали в разговорах или читали стенограммы чужих разговоров, люди, как правило, не осознавали, что задаваемый вопрос повлияет — или повлиял — на уровень дружбы между собеседниками.