То, что Windows и Ubuntu находятся на разных дисках, не имеет значения.
Обновление продукта Windows просто изменило порядок загрузки на себя.
Все, что вам нужно сделать сейчас, это открыть Настройки UEFI > Меню загрузки и измените его обратно на «Ubuntu». Затем загрузите Ubuntu и запустите sudo update-grub
чтобы... Обновить Grub! (вероятно, не обязательно — при обновлении Windows 11 должен использоваться тот же загрузчик — но на всякий случай настоятельно рекомендуется).
Вот как работает процесс загрузки и, следовательно, как следует управлять мультизагрузочной системой на любом современном компьютере с UEFI, прошивкой, которая заменила BIOS 1981 года более десяти лет назад.
PS — Если бы это была машина с BIOS — или установки Legacy в UEFI — здесь не тот случай, иначе вы не смогли бы обновиться до Windows 11 (больше не поддерживает BIOS/Legacy) — тогда вам нужно было бы переустановить Grub из live, потому что он был бы перезаписан установщиком Windows.
Но с UEFI процесс загрузки другой, в одной системе может сосуществовать множество разных загрузчиков, все они хранятся в ESP (системном разделе EFI), и поэтому расположение системных разделов разных ОС на одном или разных дисках теперь неактуально.