Система не "накосячила", а в основном ваше понимание того, что установлен вручную значит неверно. Пакет никогда на самом деле не помечен как ручной или неручной. Он может быть отмечен только как автоматический или неавтоматический.
Пакет помечен автоматически, если он устанавливается автоматически для удовлетворения зависимости.. Это означает, что его можно (и подразумевает, что он должен) удалять автоматически, когда от него больше не зависит никакой другой пакет.
В обычной настольной системе большинство пакетов устанавливаются при первой установке ОС установщиком. Эти пакеты должны быть установлены неавтоматически, иначе они будут удалены, потому что от них ничего не зависит.
Возьмем, к примеру, слово «abiword» в верхней части списка. Это текстовый процессор, который, вероятно, вполне нормально установить на настольную систему. Я предполагаю, что вы использовали одну из многих разновидностей настольных установщиков. Вероятно, он не спрашивал вас конкретно, хотите ли вы abiword. Вы, вероятно, не устанавливали abiword сами по имени. Вы по-прежнему выбрали его, выбрав установочный носитель, который вы использовали.
Поскольку в вашей системе нет другого пакета, работа которого зависит от наличия у вас установленного abiword, он не может быть помечен автоматически, иначе он будет удален. Это означает, что он не помечен автоматически. apt-mark showmanual
перечисляет пакеты, которые не помечены автоматически.
Также обратите внимание, что многие установщики устанавливают все не автоматически, даже если они могут пометить их автоматически, потому что от них что-то зависит. Даже важные базовые пакеты, от которых зависят сотни вещей, помечаются как неавтоматические. В этом смысле, возможно, установщик "накосячил", но в вашей системе нет ничего особенного.
Моя лучшая попытка получить список вещей, которые я, возможно, установил сам:
aptitude search -F '%p' --disable-columns '~i !~M !~E !~обязательно !~важно !~pstandard !~tminimal !~tstandard'
Чтобы исключить пакеты, от которых зависят, используйте:
aptitude search -F '%p' --disable-columns '~i !~M !~R~i !~E !~prequired !~pimportant !~pstandard !~tminimal !~tstandard'