Рейтинг:0

Параллельная работающая задача для PETSc

флаг in

У меня Ubuntu 20.04.3 LTS в качестве гостевой машины.Я установил SU2 v7.2.1. У меня нет проблем с последовательным запуском. Я могу параллельно запускать некоторые туториалы (например, с помощью: mpirun -np 6 SU2_CFD example.cfg). Тем не менее, я могу последовательно запустить учебник (python3 /home/karae16/Documents/SU2-7.2.1/bin/fsi_computation.py -f fsi.cfg), но не могу запустить его параллельно с помощью команды, указанной на официальном сайте SU2. Может кто-нибудь помочь мне? Базовая память составляет 7188/16384 МБ. Я установил PETSc с помощью sudo. Я не помню, использую ли я sudo или pip3 для Petsc4py. Ошибка, которую я получаю:

mpirun -np 6 python3 -m mpi4py /home/karae16/Documents/SU2-7.2.1/bin/fsi_computation.py --parallel -f fsi.cfg

[5]ОШИБКА PETSC: --------------------------------------------- ----------------------------

[5]ОШИБКА PETSC: пойман сигнал номер 11 SEGV: нарушение сегментации, возможно, доступ к памяти вне допустимого диапазона

[5] ОШИБКА PETSC: попробуйте вариант -start_in_debugger или -on_error_attach_debugger

[5]ОШИБКА PETSC: или см. https://www.mcs.anl.gov/petsc/documentation/faq.html#valgrind

[5]ОШИБКА PETSC: или попробуйте http://valgrind.org в GNU/linux и Apple Mac OS X, чтобы найти ошибки повреждения памяти

[5]ОШИБКА PETSC: настройте с помощью --with-debugging=yes, перекомпилируйте, свяжите и запустите

[5]ОШИБКА PETSC: чтобы получить больше информации о сбое.

[3]ОШИБКА PETSC: --------------------------------------------- ----------------------------

[3]ОШИБКА PETSC: пойман сигнал номер 11 SEGV: нарушение сегментации, возможно, доступ к памяти вне допустимого диапазона

[3] ОШИБКА PETSC: попробуйте вариант -start_in_debugger или -on_error_attach_debugger

[3]ОШИБКА PETSC: или см. https://www.mcs.anl.gov/petsc/documentation/faq.html#valgrind

[3]ОШИБКА PETSC: или попробуйте http://valgrind.org в GNU/linux и Apple Mac OS X, чтобы найти ошибки повреждения памяти

[3]ОШИБКА PETSC: настройте с помощью --with-debugging=yes, перекомпилируйте, свяжите и запустите

[3]ОШИБКА PETSC: чтобы получить больше информации о сбое.

[4]ОШИБКА PETSC: --------------------------------------------- ----------------------------

[4]ОШИБКА PETSC: пойман сигнал номер 11 SEGV: нарушение сегментации, возможно, доступ к памяти вне допустимого диапазона

[4] ОШИБКА PETSC: попробуйте вариант -start_in_debugger или -on_error_attach_debugger

[4]ОШИБКА PETSC: или см. https://www.mcs.anl.gov/petsc/documentation/faq.html#valgrind

[4]ОШИБКА PETSC: или попробуйте http://valgrind.org в GNU/linux и Apple Mac OS X, чтобы найти ошибки повреждения памяти

[4]ОШИБКА PETSC: настройте с помощью --with-debugging=yes, перекомпилируйте, свяжите и запустите

[4]ОШИБКА PETSC: чтобы получить больше информации о сбое.

[0]ОШИБКА PETSC: --------------------------------------------- ----------------------------

[0]ОШИБКА PETSC: пойман сигнал номер 11 SEGV: нарушение сегментации, возможно, доступ к памяти вне допустимого диапазона

[0]ОШИБКА PETSC: попробуйте опцию -start_in_debugger или -on_error_attach_debugger

[0]ОШИБКА PETSC: или см. https://www.mcs.anl.gov/petsc/documentation/faq.html#valgrind

[0]ОШИБКА PETSC: или попробуйте http://valgrind.org в GNU/linux и Apple Mac OS X, чтобы найти ошибки повреждения памяти

[0]ОШИБКА PETSC: настройте с помощью --with-debugging=yes, перекомпилируйте, свяжите и запустите

[0]ОШИБКА PETSC: чтобы получить дополнительную информацию о сбое.

[1]ОШИБКА PETSC: --------------------------------------------- ----------------------------

[1]ОШИБКА PETSC: пойман сигнал номер 11 SEGV: нарушение сегментации, возможно, доступ к памяти вне допустимого диапазона

[1]ОШИБКА PETSC: попробуйте вариант -start_in_debugger или -on_error_attach_debugger

[1]ОШИБКА PETSC: или см. -

[1]ОШИБКА PETSC: или попробуйте - в GNU/linux и Apple Mac OS X, чтобы найти ошибки повреждения памяти

[1]ОШИБКА PETSC: настройте с помощью --with-debugging=yes, перекомпилируйте, свяжите и запустите

[1]ОШИБКА PETSC: чтобы получить больше информации о сбое.

[2]ОШИБКА PETSC: --------------------------------------------- ----------------------------

[2]ОШИБКА PETSC: пойман сигнал номер 11 SEGV: нарушение сегментации, возможно, память доступ вне диапазона

[2] ОШИБКА PETSC: попробуйте вариант -start_in_debugger или -on_error_attach_debugger

[2]ОШИБКА PETSC: или см. -

[2]ОШИБКА PETSC: или попробуйте - в GNU/linux и Apple Mac OS X, чтобы найти ошибки повреждения памяти

[2]ОШИБКА PETSC: настройте с помощью --with-debugging=yes, перекомпилируйте, свяжите и запустите

[2]ОШИБКА PETSC: чтобы получить больше информации о сбое.


MPI_ABORT был вызван на уровне 3 в коммуникаторе MPI_COMM_WORLD. с кодом ошибки 59.

ПРИМЕЧАНИЕ: вызов MPI_ABORT приводит к тому, что Open MPI уничтожает все процессы MPI. Вы можете видеть или не видеть выходные данные других процессов, в зависимости от именно тогда, когда Open MPI убивает их.


[karae16-VirtualBox:05661] Еще 5 процессов отправили справочное сообщение help-mpi-api.txt / mpi-abort [karae16-VirtualBox:05661] Установите для параметра MCA "orte_base_help_aggregate" значение 0, чтобы увидеть все сообщения справки/ошибки

Victor Eijkhout avatar
флаг cn
Ваша проблема не в параллелизме, а в управлении памятью. Если вы установите отладочную версию petsc, вы получите лучшие отчеты об ошибках, в которых происходит ошибка сегментации.

Ответить или комментировать

Большинство людей не понимают, что склонность к познанию нового открывает путь к обучению и улучшает межличностные связи. В исследованиях Элисон, например, хотя люди могли точно вспомнить, сколько вопросов было задано в их разговорах, они не чувствовали интуитивно связи между вопросами и симпатиями. В четырех исследованиях, в которых участники сами участвовали в разговорах или читали стенограммы чужих разговоров, люди, как правило, не осознавали, что задаваемый вопрос повлияет — или повлиял — на уровень дружбы между собеседниками.