как кто-то заметил - разрешения потеряны, потому что внешний диск использует другую файловую систему. Добавление --no-p (после -a) остановит пометку изменений, это кажется самым простым решением
обратите внимание, что в архиве (-a) подразумевается: -rlptgoD, а на справочной странице rsync:
" --no-OPTION: вы можете отключить одну или несколько подразумеваемых опций, поставив перед именем опции префикс "no-". Не все опции могут иметь префикс "no-": только опции, которые подразумеваются другими параметры (например, --no-D, --no-perms) или иметь разные значения по умолчанию в различных обстоятельствах (например, --no-whole-file, --no-blocking-io, --no-dirs). Вы можете указать либо короткое, либо длинное имя опции после префикса «no-» (например, --no-R совпадает с --no-relative).
Например: если вы хотите использовать -a (--archive), но не хотите использовать -o (--owner), вместо преобразования -a в -rlptgD вы можете указать -a --no-o (или -а --нет-владельца).
Порядок опций важен: если вы укажете --no-r -a, в конечном итоге будет включена опция -r, а не -a --no-r. Также обратите внимание, что побочные эффекты опции --files-from НЕ являются позиционными, так как она влияет на состояние по умолчанию нескольких опций и немного меняет значение -a (подробности см. в опции --files-from). "